স্থানীয়দের ভাষ্য অনুসারে, ১৯৬৩ সালের আগে খান জাহান আলী জামে মসজিদ পরিত্যক্ত ছিল, এর গম্বুজও ভাঙা ছিল। পরে এলাকাবাসী এটি কোনোমতে সংস্কার করে নামাজ আদায় শুরু করে। পরবর্তী সময়ে প্রত্নতত্ত্ব অধিদপ্তরের উদ্যোগে মসজিদের পূর্ণাঙ্গ সংস্কার করা হয়। মূল নকশা ও শৈলী অক্ষুণ্ন রেখে সংস্কারকাজ সম্পন্ন করা হয়। মুসল্লিদের নামাজের জায়গা না হওয়ায় মসজিদের পূর্ব পাশে টিনশেড দিয়ে নামাজের জায়গা বাড়ানো হয়েছে।