হুমায়ুনের আকস্মিক মৃত্যুর পর তার পুত্র আকবর ১৪ বছর বয়সে ১৫৫৬ সালে মুঘল সিংহাসনে আরোহণ করেন। একজন বিজয়ী বীর, প্রশাসক ও শিল্প-সংস্কৃতির পৃষ্ঠপোষক হিসাবে কৃতিত্বপূর্ণ কাজের জন্য আকবর তার সমসাময়িক বিখ্যাত শাসকদের মধ্যে বিশেষ স্থান অধিকার করে আছেন। আকবর সিংহাসনে সুপ্রতিষ্ঠিত হওয়ার পর সাম্রাজ্য বিস্তারে প্রবৃত্ত হন। ১৬০৫ সালে তার মৃত্যুর সময় আকবরের বিশাল সাম্রাজ্য কাবুল থেকে বাংলা এবং হিমালয় থেকে আহমেদনগর পর্যন্ত বিস্তৃত ছিল। ভারতীয় উপমহাদেশের উত্তর, উত্তর-পূর্ব, উত্তর-পশ্চিম এবং দাক্ষিণাত্যে তার সাম্রাজ্যের বিস্তার ঘটে।

আকবরের রাজত্বকালে বাংলায় মুঘল রাজত্বের প্রসার ঘটে। ঈসা খাঁর নেতৃত্বে বারো ভূঁইয়া নামে পরিচিত বাংলার শক্তিশালী জমিদাররা মুঘল কর্তৃত্ব অস্বীকার করে বাংলায় তাদের স্বাধীন শাসন প্রতিষ্ঠা করেছিলেন। এদের আনুগত্য লাভের উদ্দেশ্যে আকবর বেশকিছু সময় বারো ভূঁইয়াদের বিরুদ্ধে যুদ্ধে লিপ্ত ছিলেন। তিনি তার কয়েকজন প্রতিনিধি বাংলায় প্রেরণ করেছিলেন। তারা ঈসা খাঁ ও তার মিত্রদের মুঘল নিয়ন্ত্রণাধীনে আনার ব্যর্থ চেষ্টা চালাতে থাকেন। শেষ পর্যন্ত ঈসা খাঁ সন্ধির মাধ্যমে মুঘলদের সার্বভৌমত্ব স্বীকার করে নেন।

সম্রাট আকবর প্রশাসনকে পুনর্বিন্যস্ত করার জন্য কার্যকর ব্যবস্থা প্রবর্তন করেন। তিনি একটি শক্তিশালী কেন্দ্রীয় সরকার গঠন করেন এবং তার সাম্রাজ্যকে ১২টি (পরবর্তীকালে ১৫টি) সুবাহয় বিভক্ত করেন। তার প্রাদেশিক সরকারব্যবস্থা গড়ে উঠেছিল কেন্দ্রীয় সরকারের কাঠামোর অনুসরণে। আকবরের সাম্রাজ্যের এক গুরুত্বপূর্ণ সুবাহ ছিল বাংলা। আবুল ফজলের তথ্যানুসারে, বাংলা ১৯টি সরকারে এবং প্রতিটি সরকার আবার কতগুলো পরগণায় বিভক্ত ছিল। আকবর জাবতি প্রথা নামে একটি রাজস্ব ব্যবস্থা গড়ে তোলেন। এর মাধ্যমে সুষ্ঠুভাবে ভূমি জরিপ, শ্রেণীকরণ এবং সরকারকে একটি নির্দিষ্ট হারে রাজস্ব প্রদানের ব্যবস্থা করা হয়। তবে এ ব্যবস্থা বাংলায় প্রবর্তিত হয়নি এবং মুর্শিদকুলী খানের শাসনের আগপর্যন্ত বাংলা সুবাহর রাজস্বব্যবস্থা একটি সুষ্ঠু রূপ পরিগ্রহ করেনি। মনসবদারি পদ্ধতি প্রবর্তনের মাধ্যমে আকবর তার সামরিক বাহিনীকে পুনর্গঠিত করেছিলেন। এ ব্যবস্থাধীনে প্রত্যেক কর্মকর্তাই মনসব বা পদমর্যাদার অধিকারী ছিলেন এবং প্রত্যেককে পদমর্যাদা অনুযায়ী ভাতা ও অন্যান্য সুযোগ-সুবিধা প্রদান করা হতো।

আকবরের দ্বীন-ই-ইলাহী বাংলার জনগণকে বিক্ষুব্ধ করে তুলেছিল। পণ্ডিতদের মতে, আকবরই বাংলা সনের প্রবর্তক। তার রাজত্বকালে শিল্প ও স্থাপত্যের বিশেষ অগ্রগতি সাধিত হয়েছিল।